Ketika memakai Active Directory, host mendeteksi penugasan kebijaksanaan pada startup, memanggil kebijaksanaan itu, dan secara berkala mengecek kebijaksanaan yang di-upgrade. Kebijaksanaan IPSec menentukan hubungan yang dipercaya di antara komputer-komputer. Hubungan kepercayaan yang paling mudah dipakai adalah kepercayaan domain Windows 2003 Server yang didasarkan pada protocol Kerberos versi 5. Kebijaksanaan IPSec yang ditentukan sebelumnya akan dikonfigurasi untuk komputer-komputer pada domain Windows 2003 Server yang sama atau domain Windows 2003 Server lainnya.
Pada layer IP (jaringan), setiap paket yang masuk atau keluar dianggap sebagai suatu datagram. Masing-masing datagram IP mengemban alamat IP sumber dari pengirim dan alamat IP tujuan dari penerima yang dimaksud. Masing-masing datagram IP yang diproses pada layer IP dibandingkan dengan seperangkat filter yang disediakan oleh kebijaksanaan keamanan, yang dipelihara oleh seorang administrator untuk sebuah komputer, pemakai, grup, atau seluruh domain. Layer IP dapat mengerjakan salah satu dari kegiatan berikut ini dengan sebuah datagram: Menyediakan layanan-layanan IPSec ke datagram Mengizinkan datagram untuk dibiarkan tidak dimodifikasi Membuang datagram
Karena IPSec secara khusus meng-enkripsi seluruh paket IP, maka proses pengambilan datagram IPSec yang dikirimkan sesudah SA (Security Association) ditetapkan akan mampu mengungkapkan sedikit apa yang sesungguhnya terjadi di dalam datagram. Bagian-bagian tertentu dari paket itu yang dapat diuraikan atau dibaca oleh suatu sniffer jaringan seperti Network Monitor hanyalah header IP dan header Ethernet. Hal ini memberikan keamanan yang lebih sempurna ke transaksi-transaksi IP.